비임상·임상 CRO 연구비 적격성 소명, 신성장 R&D 세액공제(최대 30~40%) 국세청 사전심사 완벽 대응, 핵심 연구인력 스톡옵션 비과세 2억 원 설계까지. 빅4 회계법인 감사본부 출신 이민우 공인회계사와 기장팩토리 데이터 알고리즘이 바이오 벤처의 런웨이를 연장합니다.
세무사법 제11조의2 준수 / 조특법 제10조 연구개발비 사전심사 검증 프로세스 가동
바이오·의료기기 벤처는 연구개발비 규모가 크고 임상 단계가 복잡하여 국세청 R&D 세액공제 사후검증 타깃 1순위입니다.
신성장·원천기술 R&D 세액공제율(중소기업 30~40%)을 적용받았으나 연구개발계획서, 연구노트, 타임시트 증빙 미비로 국세청 사후검증 시 일반 R&D(25%)로 강등되거나 전액 부인되어 수억 원의 세액과 40% 부당과소신고가산세가 추징됩니다.
해외 및 국내 CRO 기관에 지출한 비임상·임상시험 비용 중 '공동·위탁연구개발비' 적격 요건(계약서상 지식재산권 귀속, 연구 인력 구성 등)을 증명하지 못하면 조세특례제한법상 위탁 R&D 세액공제 대상에서 일괄 제외됩니다.
임직원 및 핵심 연구원 스톡옵션 행사 시 행사이익(시가 - 행사가액)은 근로소득에 해당하여 원천징수 대상입니다. 조특법 제16조의2 비과세(연 2억, 누적 5억) 요건과 제16조의3 양도소득세 과세특례 신청을 누락해 원천세 폭탄을 맞는 경우가 빈번합니다.
정부출연금(국고보조금) 수령 시 기업회계상 수익인식과 법인세법상 익금산입 시점의 차이를 조율하지 않거나, 연구비 집행 시 일시상각충당금 및 압축기장충당금 손금산입 세무조정을 누락해 막대한 법인세가 일시에 과세될 수 있습니다.
의료기기 제조 GMP 시설, 클린룸, 파일럿 플랜트 및 고가 분석장비 취득 시 조특법 제24조 통합투자세액공제(중소기업 기본 10% + 증가분 10%)를 적용받아야 하지만, 세법상 사업용 고정자산 분류 오류로 수억 원의 공제를 놓칩니다.
금융감독원 제약·바이오 테마감리 기준에 따라 신약은 임상 3상 승인, 바이오시밀러는 임상 1상 승인 시점부터만 개발비 자산화가 허용됩니다. 무리한 자산화는 분식회계 감리 대상이 되며, 전액 비용화 시 상장 요건 미달 사태가 발생합니다.
연간 인건비, 임상시험(CRO) 지출액, 시설투자 금액을 입력하시면 조특법 제10조 신성장 R&D 세액공제 및 10년 이월결손금 세무 최적화 규모를 즉시 진단합니다.
조특법 제10조 (인건비 + CRO 위탁연구비 합산분)
클린룸·실험장비 취득가액의 10% 공제
당기 결손 시 10년간 이월하여 향후 흑자 전환 시 법인세 상계
단순 기장을 넘어, 빅4 회계법인 감사본부 출신 공인회계사의 신성장 R&D 검증과 기장팩토리 데이터 파이프라인으로 기업가치를 극대화합니다.
조세특례제한법 제10조에 따라 중소기업 최대 30~40% 세액공제가 가능한 신성장 기술 요건을 정밀 매칭합니다. 세무신고 전 국세청 연구개발비 사전심사를 신청하여 전액 적격 판정을 받음으로써 향후 세무조사 시 가산세를 100% 면제받도록 설계합니다.
국내외 임상수탁기관(CRO) 및 위탁개발생산(CDMO) 대금의 세액공제 적격성을 선제 검토합니다. 계약서상 연구성과의 단독 귀속, 용역 제공 단계별 마일스톤, 연구원 인건비 배부 내역을 입증하여 '공동·위탁연구개발비'로 100% 손금 및 공제를 인정받습니다.
석·박사급 핵심 연구인력 유치를 위한 주식매수선택권(스톡옵션) 절세 패키지를 구축합니다. 조특법 제16조의2(연간 2억 원, 누적 5억 원 비과세), 제16조의3(행사이익에 대해 소득세 대신 양도소득세 과세특례 선택)을 적용하여 임직원의 세부담을 획기적으로 낮춥니다.
의료기기 제조 라인, 무균 클린룸 공조설비, 파일럿 플랜트, 질량분석기 등 고가 연구 장비 도입 시 조특법 제24조 통합투자세액공제(기본 10% + 직전 3개년 평균 초과분 10%)를 적용합니다. 당기 결손 시 10년간 이월공제를 관리합니다.
중기부 팁스(TIPS), 과기정통부 국책과제, 복지부 신약개발 R&D 출연금의 세법상 익금·손금 산입 시점을 일치시킵니다. 법인세법 제36조에 따른 국고보조금 일시상각충당금/압축기장충당금 설정을 통해 연구비 사용 전 일시 과세되는 위험을 원천 차단합니다.
코스닥 기술특례상장 및 한국거래소 질적 심사에 대비하여 빅4 수준의 K-IFRS 회계기준 도입을 지원합니다. 금감원 테마감리 기준에 부합하는 개발비 자산화 요건(IAS 38 / K-IFRS 1038호) 적정성 평가와 RCPS(상환전환우선주) 파생상품 평가를 완벽 수행합니다.
연구개발 파이프라인의 전주기 특성을 반영한 체계적인 4단계 프로세스로 조세 리스크를 사전에 예방하고 기업가치를 방어합니다.
기업부설연구소 전담인력, 연구노트, CRO 용역 계약서, 특허 포트폴리오를 전수 진단하여 신성장 기술 매칭 가능성을 도출합니다.
연구개발비 세액공제 사전심사 패키지를 작성하여 세무신고 전 국세청 본청 심사를 청구, 전액 적격 확인을 사전 획득합니다.
프로젝트별 연구원 타임시트와 임상 시약 매입 전표를 기장팩토리 ERP로 자동 매핑하여 프로젝트별 연구원가를 완벽 산출합니다.
스톡옵션 비과세 신고, 통합투자세액공제 이월결손금 관리, K-IFRS 회계감사 수검 및 국세청 기획검증에 1:1 입회 방어합니다.
바이오·의료기기 세무는 일반 제조업이나 도소매와 판이합니다. 8대 핵심 쟁점의 대응 수준을 직접 확인하세요.
| 비교 항목 | 일반 동네 세무사무소 | 정평세무컨설팅 바이오 전담센터 |
|---|---|---|
| 신성장 R&D 기술 매칭 | 신성장 요건을 몰라 일반 R&D(25%)로 낮춰 신고 | 조특법 별표7 신성장 14개 분야 정밀 매칭으로 최대 30~40% 세액공제 |
| 국세청 사전심사 신청 | 서류 작성이 까다롭다는 이유로 사전심사 신청 기피 | 연구계획서·연구노트 완벽 패키징으로 국세청 사전심사 100% 적격 통과 |
| 임상 CRO 위탁연구비 | 외주용역비로 단순 처리하여 세액공제에서 누락 | 계약서상 성과 귀속 요건 입증으로 위탁 R&D 세액공제 100% 반영 |
| 스톡옵션 비과세 설계 | 행사이익을 전액 근로소득으로 원천징수 (연구원 세부담 가중) | 조특법 제16조의2 비과세(연 2억) 및 제16조의3 양도세 과세특례 완벽 지원 |
| GMP 시설투자 세액공제 | 일반 공장 시설로 분류해 기본 공제만 수취하거나 누락 | 첨단 제조·연구설비 통합투자세액공제(기본 10% + 증가분 10%) 적용 |
| 정부 출연금 세무조정 | 보조금 수령 시 일시 과세되어 법인세 폭탄 초래 | 일시상각충당금 및 압축기장충당금 손금산입으로 법인세 납부 유예 |
| 개발비 자산화 & IPO 대비 | 단순 일반기업회계기준(K-GAAP) 처리, 상장 감사 시 거절 | K-IFRS 도입 및 금감원 제약·바이오 테마감리 기준 개발비 적정성 자문 |
| 전문가 팀 구성 | 바이오 분야 경험이 전무한 무자격 직원이 처리 | 빅4 EY한영 감사본부 출신 이민우 공인회계사 직접 총괄 검증 |
신약개발, 진단의료기기, 디지털 헬스케어 등 업종별 파이프라인과 인허가 주기에 따라 최적화된 조세 방어책을 가동합니다.
장기간 대규모 임상 비용이 투입되는 신약개발사. 후보물질 스크리닝부터 비임상, 임상 1~3상 단계별 지출을 신성장 R&D 세액공제로 체계화하고, 기술이전(License-out) 시 발생하는 계약금 및 마일스톤에 대한 법인세 과세를 안분 조정합니다.
진단키트, 분석 카트리지, 체외진단 장비 제조사. 식약처 품목허가 및 임상적 성능시험 비용을 연구개발비로 완벽 인정받고, 해외 FDA/CE 인증 획득 비용을 세법상 기술개발비로 반영하여 세액공제를 확보합니다.
의료영상 AI, 디지털 치료기기(DTx), 스마트 헬스케어 플랫폼. 의료 데이터 구매비와 클라우드(AWS/GCP) GPU 서버 사용료의 R&D 연구비 적격성을 입증하고, 개발자 스톡옵션 비과세(2억 원)로 핵심 IT 인재 이탈을 방지합니다.
독성·효능 비임상 수탁시험기관 및 바이오의약품 CDMO 기업. 글로벌 고객사 외화 수취 용역에 대한 부가가치세 0% 영세율 적용과 매입세액 조기환급, 고가 실험 장비(HPLC, 질량분석기) 리스 및 취득세액공제를 최적화합니다.
글로벌 K-뷰티 의료기기 제조사. 수출 비중이 높은 사업 구조에 맞춰 외화 획득에 따른 부가세 영세율과 수출 매입부가세 전액 조기환급을 청구하며, 해외 대리점 마케팅비 및 해외 학회 부스비의 접대비 부인 리스크를 방어합니다.
식약처 개별인정형 원료 연구개발 벤처. 인체적용시험 비용과 기능성 입증 시험비의 R&D 세액공제 적격성을 소명하고, 천연물 원료 매입 시 계산서(면세)와 농산물 의제매입세액공제 요건을 정밀 검증합니다.
국세청 신성장 R&D 사전심사 승인부터 수억 원대 투자세액공제 수취까지, 정평세무컨설팅이 직접 입증한 대표 성공 사례들입니다.
항암 신약 파이프라인 개발에 연간 40억 원의 연구비를 지출하던 A사. 국세청 신성장·원천기술 사전심사를 청구하여 연구인력 인건비와 시약비 전액 적격 확인을 획득. 신성장 공제율 35%를 적용받아 14억 원의 세액공제를 확보하고 사후검증 리스크를 완전 해소했습니다.
미국 FDA 임상을 위해 미국 CRO 기관에 지출한 8억 5천만 원에 대해 관할 세무서로부터 단순 외주용역으로 보아 R&D 세액공제 부인 예고를 받은 B사. 조특법 시행령 별표6 요건과 IP 단독 귀속 계약서를 정밀 소명하여 전액 공동·위탁연구비로 인정 종결되었습니다.
시리즈 B 투자 유치 후 기업가치가 급등하며 핵심 연구원들의 스톡옵션 행사이익이 1인당 2억 원씩 발생한 C사. 조특법 제16조의2에 따라 1인당 2억 원 비과세 및 초과분에 대해 제16조의3 양도소득세 과세특례를 사전 신청하여 최고세율 45% 과세를 합법적으로 방어했습니다.
수출 증대로 제2공장 클린룸 공조설비와 CNC 정밀가공 장비에 32억 원을 투자한 D사. 조특법 제24조 통합투자세액공제(중소기업 10%)를 적용하여 3억 2천만 원의 세액공제를 확보하고, 당기 납부세액 차감 후 잔여액을 10년간 이월공제로 안전하게 계상했습니다.
정부출연금 15억 원을 연말에 일시 수령하여 당기 법인세 수억 원이 과세될 위기에 처했던 E사. 법인세법 제36조에 따라 국고보조금으로 취득할 연구용 자산에 대해 압축기장충당금 손금산입 세무조정을 실행하여 법인세를 연구비 집행 시점까지 유예시켰습니다.
코스닥 기술특례상장을 준비하던 중 금융감독원 감리 기준 미달로 개발비 30억 원에 대해 회계법인 지정감사 거절 위기에 처했던 F사. 임상 단계별 기술적 실현 가능성을 재입증하고 전액 비용화와 자산화 포트폴리오를 분리 재작성하여 지정감사 '적정' 의견을 획득했습니다.
국세청 R&D 사전심사 신청 기간과 법인세 결산 기한을 놓치지 않아야 최적의 세액공제와 가산세 면제권을 확보할 수 있습니다.
세무신고 전에 국세청에 연구개발비 적격성을 사전 검증받아 승인 시 세무조사 배제 및 과소신고가산세를 100% 면제받습니다.
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정평세무컨설팅 대표 / 기장팩토리 총괄 파트너
"바이오·의료기기 벤처의 세무는 일반 제조업과 완전히 다릅니다. 연구개발비 세액공제 사전심사와 개발비 자산화의 사소한 판단 착오가 상장 심사 탈락과 막대한 가산세로 이어질 수 있기에, 빅4 감사 수준의 정밀한 세무 검증이 필수적입니다."
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연매출 1억 원 이하 소규모 사업자 기준 참고액
연구전담인력 보유, 임상 CRO 지출, 신성장 R&D 적용 대상
코스닥 상장예비심사 청구, 글로벌 기술수출 기업
본 페이지에 안내된 수수료 예시는 연매출 1억 원 이하 소규모 개인사업자의 표준 장부 작성 기준이며, 구체적인 세무 보수는 사업장의 거래 규모, 인건비 신고 인원, 신성장 R&D 세액공제 난이도, 임상 단계에 따라 개별 상담을 통해 합리적으로 산정됩니다. 세무사법 규정에 의거하여 법인사업자에 대한 일괄적인 금액 표시는 진행하지 않으며, 특정 결과(조사 무조건 면제, 무조건적 환급 등)를 단정하거나 독점적 지위를 주장하지 않습니다.