피부과, 성형외과, 안과, 정형외과, 치과, 한의원 등 연매출 5억 이상 성실신고 대상 병의원의 비급여 매출 비율 관리, 의약품·의료소모품 적격증빙, 봉직의 네트제 급여 원천징수, MSO 합법적 설립까지 입체적으로 자문합니다.
이민우 공인회계사 및 의료전문 세무팀이 직접 검토합니다.
의료업은 국세청 통합분석시스템(TIS·FICS)에 의해 매출 누락, 원가율 편차, 비급여 수입 분석이 실시간 모니터링되는 중점 관리 업종입니다.
보건업은 연간 수입금액 5억 원 이상이면 성실신고확인 대상입니다. 확인서 미제출 시 산출세액의 5% 가산세와 세무조사 대상 우선 선정 위험이 발생하며, 부실 확인 시 세무대리인까지 징계를 받으므로 정밀한 증빙 체계가 필수적입니다.
건강보험공단 요양급여 청구내역 외에 비급여 진료(비급여 주사, 라식, 임플란트, 미용시술 등), 제약사 수탁검사비, 판매용 화장품·건강기능식품 매출의 신고 누락은 국세청 전산망에 즉각 감지되는 핵심 표적입니다.
세후 실지급액 기준 네트제 계약 시 병원이 부담한 근로소득세와 4대보험료를 총급여에 합산 역산(Gross-up)하지 않으면 원천징수 불성실 가산세와 퇴직금 정산 분쟁, 종합소득세 경정청구 분쟁이 촉발됩니다.
공동사업장은 지분비율에 따라 소득금액이 분배되어 세부담이 분산되지만, 손익분배비율의 임의 변경이나 동업자 탈퇴 시 영업권(권리금) 평가, 공동사업장 자산 양도소득세 미처리는 거액의 세금 추징으로 이어집니다.
CT, MRI, 레이저 등 수억 원대 의료장비의 운용리스와 금융리스 분류 기준, 개원 인테리어 시설투자의 내용연수 설정 오류는 초기 필요경비 불인정 및 사업초기 결손금 활용 실패를 초래합니다.
소득 분산을 위해 설립한 병원경영지원회사(MSO)가 실질적인 업무(구매대행, 인력지원, 마케팅)를 수행하지 않거나 수수료율이 시가를 초과할 경우, 국세청은 부당행위계산부인 규정을 적용해 세금을 전액 추징합니다.
보험청구 위주 진료과와 비급여 복합 진료과는 세무 관리의 핵심 지표가 완전히 다릅니다. 정평세무컨설팅은 진료과목별 맞춤 가이드를 제공합니다.
비급여 미용시술 및 부가가치세 과세·면세 겸업 안분
외국인 환자 유치 수수료 영세율 & 고액 현금영수증 의무발행
임플란트 픽스처·골이식재 매입비율 및 외부 기공료 관리
녹용·사향 규격 한약재 원재료 수불부 및 원외탕전 관리
백내장 다초점 렌즈 매입 및 시력교정술 장비 리스 세무
도수치료·체외충격파 비급여 관리 및 병동 입원실 세무
국가건강검진 수탁검사비 & 제약사 백신 공동구매 정산
영유아 예방접종비 국가부담금 및 소액 의료기기 감가상각
신경차단술 C-arm 약제 입출고 & 통증클리닉 세액공제
전립선 비급여 레이저 검사 및 남성 수술 특화 증빙
개인 병의원의 영업이익은 최고세율 45%(지방소득세 포함 49.5%)의 소득세가 즉시 과세됩니다. 반면 MSO(Management Service Organization) 법인을 정상 설립하면 법인세율(9~19%) 구간을 활용하고, 가족 주주 배당과 퇴직금 설계를 통해 합법적인 자산 포트폴리오를 구축할 수 있습니다.
MSO가 진료 행위나 인사권에 직접 관여하지 않고, 순수 경영지원(의료소모품 공동구매, 콜센터 위탁, 마케팅, 소프트웨어 임대)만 수행하도록 정관과 계약서를 설계합니다.
국세청이 가장 문제 삼는 '과도한 경영지원 수수료'를 방어하기 위해 원가+적정마진율 분석 보고서를 정례 작성하여 부당행위계산부인 위험을 배제합니다.
배우자 및 자녀를 주주로 구성하여 배당소득 분산 및 증여세 부담 없는 장기적 가업 승계 자금 기반을 마련합니다.
국세청 사전 안내문 발송 전 전표 정밀 스크리닝과 봉직의 고용계약서 역산 처리를 통해 세무조사 타깃 지정을 사전 차단합니다.
소득세법 제70조의2 및 동법 시행령 제133조
대법원 판례 및 국세청 원천징수 실무 기준
의료기관은 2월 사업장현황신고부터 5~6월 종합소득세·성실신고확인까지 일정이 촘촘합니다. 마감 기한을 넘기면 거액의 가산세가 부과되므로 정평의 선제적 캘린더 관리가 필수적입니다.
의료 환경과 진료 과목의 특성을 반영한 정밀 세무 설계를 통해 세무 위험을 해소하고 합법적인 절세를 실현한 사례입니다.
비급여 미용시술 비중이 85%에 달해 매년 종합소득세 최고구간 45%를 전액 납부하던 병원. 마케팅·고객상담·재고관리를 전담하는 MSO 법인을 설립하고 법인세법상 적정 원가+마진율 이전가격 용역계약을 체결하여 연간 과세표준을 합법적으로 분산하였습니다.
원장 3인의 진료 파트별(임플란트, 교정, 일반치과) 매출 편차로 갈등이 있던 사업장. 실제 진료 기여도와 자본출자 비율을 반영한 동업계약서 재작성 및 3D CT·구강스캐너 금융리스 계정을 정비하여 원장별 소득세 분배 공정성을 확보하고 부인 위험을 차단했습니다.
과거 세무대리인이 페이닥터 네트 급여 대납분을 총급여에 합산하지 않아 세무서로부터 소명 안내문을 수령한 상황. 정평세무컨설팅에서 3개년치 원천징수 수정신고 및 소명 의견서를 제출하여 고의 탈루 혐의를 벗고 가산세를 최소화하여 안전하게 종결지었습니다.
정평세무컨설팅은 세무사법 광고 규정을 엄격히 준수합니다. 금액만을 단독 노출하여 현혹하지 않으며, 병의원의 수입 규모와 업무량에 기반한 합리적이고 투명한 산정 기준을 안내합니다.
개인사업자 형태의 의원, 치과, 한의원은 직전 연도 수입금액 규모, 비급여 매출 비율, EMR 연동 수준, 고용인원(간호사, 상담실장, 페이닥터)에 따라 기본 보수가 책정됩니다.
병원경영지원회사(MSO), 의료법인, 개원 자산관리 법인은 정관 목적사업 검토, 이전가격 용역계약서 작성, 가족 주주 배당 플랜 등 종합 경영자문이 수반됩니다.
성실신고확인, 비급여 매출 관리, 페이닥터 네트제, MSO 합법성까지 핵심 실무 지침을 정리했습니다.
소득세법상 보건업은 연간 수입금액 5억 원 이상일 때 성실신고확인 대상이 됩니다. 여기서 수입금액에는 건강보험공단 본인부담금 및 요양급여뿐만 아니라, 비급여 진료비, 자동차보험 및 산재보험 진료비, 제약사 임상시험비, 의료기기·건강기능식품 판매수입 등 사업과 관련해 발생한 모든 수입이 포함됩니다. 5억 원을 1원이라도 초과하면 성실신고확인서를 의무 제출해야 합니다.
공인회계사나 세무사로부터 확인받은 '성실신고확인서'를 6월 30일까지 제출해야 합니다. 확인서에는 주요 매출처 및 비급여 수입 명세, 필요경비 중 3만원 초과 적격증빙 수취 여부, 배우자 및 직계존비속 인건비 지급 적정성, 차량유지비 운행일지 기록, 차입금 이자비용의 사업관련성 등이 세밀히 검증되어 보고됩니다. 허위 기재나 부실 확인 시 세무조사 대상으로 선정될 수 있습니다.
의료법 제33조에 따라 의사 개인은 의료기관을 영리법인으로 전환할 수 없습니다. 그러나 병원의 비진료 영역(마케팅 기획, 원무 행정 전산화, 의료소모품 구매대행, 시설 및 인테리어 관리, 콜센터 운영 등)을 전문적으로 수행하는 병원경영지원회사(MSO)를 별도 주식회사로 설립하는 것은 전적으로 합법입니다. 병원은 MSO에 경영지원 수수료를 지급하여 비용 처리하고, MSO는 낮은 법인세율을 적용받으며 잉여금을 축적·재투자할 수 있습니다.
첫째는 '법인의 실체성(페이퍼컴퍼니 여부)'입니다. MSO 명의의 독립 사무실, 전담 인력, 고유 업무 수행 기록이 없으면 실체가 부인됩니다. 둘째는 '용역 수수료의 과다성(이전가격)'입니다. 시장 통상 시가나 실제 제공 용역에 비해 과도하게 높은 수수료를 책정하면 법인세법 제52조 부당행위계산부인 규정으로 병원의 비용 처리가 전액 부인되고 증여세가 추징됩니다. 정평세무컨설팅은 설립 초기부터 원가 산정 보고서를 완비합니다.
네트제 계약은 원장님이 봉직의의 근로소득세와 건강보험·국민연금 등 4대보험 본인부담금을 전액 대납해 주는 관행입니다. 세법상 대납해 준 세금과 보험료는 봉직의의 급여(Gross)에 합산하여 원천징수해야 합니다. 이를 누락하고 실지급액만으로 원천징수 신고를 하면 원천징수불성실가산세(최대 10%)가 부과되며, 퇴직 시 퇴직금 계산 기준임금 및 연말정산 환급금 귀속을 두고 심각한 법적 분쟁이 발생합니다.
우리나라 소득세는 과세표준 1천4백만 원부터 10억 원 초과까지 6%~45%의 누진세율 구조입니다. 단독 개원 시 소득금액 10억 원이면 최고세율 45%가 적용되지만, 2인이 5:5 지분으로 공동개원하면 각각 5억 원씩 분배되어 낮은 누진세율 구간을 적용받으므로 합산 세부담이 대폭 감소합니다. 단, 동업계약서의 손익분배비율과 실제 출자·경영 참여 사실이 명확해야 하며, 위장 공동사업 시 추징 위험이 있습니다.
운용리스는 리스료 전액을 지급임차료(비용)로 단순 회계처리하므로 장부 관리가 용이하고 초기 비용 반영 속도가 빠릅니다. 반면 금융리스는 실질적인 자산 취득으로 보아 자산 계상 후 감가상각비와 이자비용으로 나누어 비용 처리합니다. 병원의 매출 성장 추이, 성실신고 진입 시점, 부채비율 관리에 따라 최적의 방식이 다르므로 개원 초기 리스 계약 체결 전 세무사의 사전 검토가 필수입니다.
기장팩토리(기장팩토리.com)는 의료데이터와 금융 데이터를 자동으로 연결하는 차세대 스마트 세무 파이프라인입니다. 요양급여 입금 내역, 카드사 수수료 공제 전 매출, 전자세금계산서 의약품 매입액, 직원 급여대장을 자동 스크래핑하여 매월 정밀 결산 보고서를 제공합니다. 복잡한 영수증 관리 시간을 없애 원장님이 진료에만 100% 전념하실 수 있습니다.
의료업(의원, 병원)은 부가가치세 면세사업자이므로 매입 시 부담한 부가가치세를 세무서로부터 직접 환급받지는 못합니다. 그러나 부담한 부가가치세 상당액은 소멸하는 것이 아니라, 인테리어 및 의료장비의 취득원가에 전액 산입되어 5년간 감가상각비를 통해 종합소득세 필요경비로 전액 인정받아 소득세를 대폭 줄여줍니다. 단, 미용성형 등 과세진료를 겸업하는 경우 과세분 비율만큼 부가세 환급이 가능합니다.
원장님께서 번거롭게 기존 세무대리인과 대면하거나 불편한 통화를 하실 필요가 없습니다. 정평세무컨설팅에 위임 의사만 전달해 주시면, 홈택스 수임동의 변경 신청 후 과거 신고서, 표준재무제표, EMR 연동 데이터, 성실신고 이월공제 내역 일체를 저희 전담팀이 직접 안전하고 신속하게 이관받아 업무 공백 없이 즉시 관리해 드립니다.
CT, MRI, 초음파, 레이저, 치과 체어 등 고액 의료장비의 취득 방식에 따라 연간 필요경비 산입 속도와 부채비율, 성실신고 수입금액 대비 경비율이 달라집니다.
| 구분 항목 | 운용리스 (Operating Lease) | 금융리스 (Financial Lease) | 의료기기 렌탈 (Rental) | 자가 취득 (할부 / 현금구매) |
|---|---|---|---|---|
| 세무상 자산 계상 | 병원 자산 미계상 (리스사 소유) | 병원 유형자산 계상 (실질적 소유) | 병원 자산 미계상 (렌탈사 소유) | 병원 유형자산 계상 (의료기기) |
| 필요경비 산입 방식 | 월 리스료 전액 임차료(비용) 즉시 인정 | 감가상각비(5년 정액법) + 지급이자 안분 | 월 렌탈료 전액 지급임차료 비용 인정 | 감가상각비(정액/정률) + 대출이자 |
| 재무제표 부채 반영 | 부채 미반영 (부채비율 관리 유리) | 리스부채 전액 반영 (부채비율 상승) | 부채 미반영 (대출한도 보존 유리) | 시설자금 대출금 부채 반영 |
| 통합투자세액공제 | 공제 불가 (자산 취득 아님) | 적용 가능 (세액공제 최대 10%) | 공제 불가 (렌탈료 비용만 처리) | 적용 가능 (기본공제율 + 증가분) |
| 정평세무컨설팅 가이드 | 개원 초기 빠른 비용화 희망 시 적합 | 투자세액공제 및 장기 상각 절세에 최적 | 최신 장비 교체 주기 짧은 피부·안과 추천 | 저금리 정책자금·중진공 대출 연계 추천 |
의료기기는 기준 내용연수 5년(범위: 4년~6년)이 적용됩니다. 개원 초기에 빠른 비용 털기를 원할 경우 4년 정률법을 선택하여 초기 세부담을 파격적으로 경감할 수 있습니다.
개원 인테리어 공사비는 건물 부속설비와 구축물로 나누어 계상하며, 임차 사업장의 경우 임대차 계약 기간에 맞추어 균등 상각하거나 원상복구 충당부채를 반영합니다.
공동개원 해지나 병원 양도양수 시 의료장비 리스 승계에 따른 정산금(보증금 반환, 위약금) 처리 누락은 기타소득 과세 위험을 유발하므로 정밀 승계 계약서가 필요합니다.
국세청은 의료업종의 진료비 수납 내역, 신용카드 결제율, 비급여 비율, 원가율을 지역별·진료과목별 평균 데이터베이스와 실시간 대조하여 이상 징후를 추출합니다.
동일 상권 내 동종 진료과목 평균 비급여 수입 비율 대비 현저히 낮게 신고된 병의원은 즉각 비급여 현금매출 누락 의심 사업장으로 분류되어 소명 안내문이 발송됩니다.
심평원에 보고된 제약사·도매상 의약품 공급 내역과 병원이 신고한 매출액을 연동 분석하여 보톡스·필러·임플란트 수량 대비 수입금액이 부족한 경우 추징 대상이 됩니다.
병원 명의 사업용 신용카드로 주말 백화점, 골프장, 면세점, 해외여행 경비를 지출하거나, 실제 근무하지 않는 배우자·자녀를 직원으로 등재해 급여를 지급하는 행위를 실시간 필터링합니다.
개원 시 조달한 닥터론(의사 신용대출) 등 대출금 이자를 병원 경비로 처리했으나, 원장 개인의 부동산 매입이나 가사 용도로 유출되어 부채가 사업용 자산을 초과할 경우 이자비용이 전액 부인됩니다.
인테리어업자나 의료기기업자가 발행한 허위 세금계산서, 부실 폐업자가 발행한 자료상 세금계산서를 수취한 경우 매입세액 불공제 및 세금계산서불성실가산세(3%)가 중과됩니다.
이민우 공인회계사를 주축으로 의료 전담 회계사·세무사가 원장님의 FICS 분석 점수를 사전에 계산하고, 소명 요구 시 조세불복 및 과세전적부심사까지 일관되게 방어합니다.
단순한 페이퍼컴퍼니는 국세청 세무조사에서 100% 추징됩니다. 실질적인 기능과 인력, 적정 이전가격을 갖춘 완전한 MSO 법인 설립 절차를 안내합니다.
병원 연간 소득금액, 한계세율, MSO 수수료 예상 규모를 분석하고, 배우자·자녀 주주 구성 및 액면가 유상증자 설계를 확정합니다.
의료법 제33조 위반 소지가 없는 경영컨설팅, 소모품 구매대행, 광고대행, 소프트웨어 개발, 콜센터 위탁업무를 정관에 등재합니다.
병원 건물 내 독립된 분리 사무공간 또는 외부 전용 사무실 임대차 계약을 체결하고 상법상 주식회사 설립등기 및 사업자등록을 완료합니다.
경영지원 담당자, 마케터, 원무 전산관리 인력을 MSO 정규직으로 채용하여 4대보험을 취득하고 실체성(Substance)을 구비합니다.
병원과 MSO 간 체결하는 업무위탁 계약서에 원가+적정마진율(Cost-Plus Method) 산정 기준을 명문화하여 부당행위계산부인을 차단합니다.
세금계산서 발행 시 실제 수행한 마케팅 성과표, 구매대행 명세서, 전산유지보수 일지를 첨부하여 객관적 용역 증빙을 완비합니다.
축적된 잉여금에 대해 주주총회 차등배당 또는 균등배당을 결의하고, 임원 퇴직금 지급규정을 제정하여 중장기 승계 자금을 완성합니다.
법인설립 등기부터 이전가격 계약서, 실체성 입증 서류, 배당 플랜까지 세무사·회계사가 원스톱으로 총괄 자문합니다.
개원 입지 인수, 선배 의사 병원 포괄양수도 시 발생하는 권리금(영업권)은 양도인에게는 기타소득 과세, 양수인에게는 5년 감가상각 필요경비 산입의 양날의 검입니다.
소득세법상 영업권 양도대가는 기타소득으로 분류되어 실제 증빙이 없어도 지급금액의 60%를 필요경비로 공제받으므로 실질 과세표준은 40%로 축소됩니다.
병원을 인수하는 양수인은 권리금 지급 시 지급액의 8.8%(지방소득세 포함)를 원천징수하여 다음 달 10일까지 세무서에 납부하고 지급명세서를 제출해야 합니다.
지급한 영업권 가액은 세법상 무형고정자산으로 등록되어 향후 5년간(매년 20%씩) 개원 초기 고소득 구간에서 합법적인 절세 경비로 전액 인정받습니다.
병원 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는 포괄양수도 계약 체결 시 재화의 공급으로 보지 않아 부가가치세 부담 없이 거래가 종결됩니다.
기존 간호인력 및 직원의 계속근로 승계 시 퇴직금 추계액을 인수 대금에서 공제 정산하고 퇴직연금 승계 신고를 적법하게 처리해야 노무 리스크가 없습니다.
국세기본법상 사업양수인은 양도인의 미납 국세에 대해 제2차 납세의무를 질 수 있으므로 양도인의 국세·지방세 완납증명서 징구와 면책 특약을 체결합니다.
동업은 소득 분산의 강력한 장점이 있지만 손익분배비율 불명확, 한 원장의 이탈, 차입금 이자 분담 갈등으로 세무조사 위험에 노출되기 쉽습니다.
지분율과 손익분배비율이 상이할 경우 세무서 불인정 위험이 있으므로 동업계약서 작성 후 세무서 사업자등록 시 반드시 첨부 제출합니다.
개인 명의 닥터론은 출자금 조달 채무로 보아 이자비용 경비처리가 부인되므로, 공동사업장 명의로 대출을 실행해 필요경비로 인정받습니다.
종합소득세는 각자 소득에 대해 개별 납부하지만, 부가가치세와 원천징수 의무는 공동사업자 전원이 연대납세의무를 집니다.
탈퇴 원장에게 지급하는 정산금이 기존 출자금을 초과할 경우 영업권(기타소득)으로 보아 8.8% 원천징수 후 지급해야 합니다.
원장 각자의 업무용 승용차 렌트료, 학회비, 도서구입비 등 개인별 경비 지출 편차를 공동경비에서 어떻게 조정할지 회계 규칙을 수립합니다.
복수 진료과 공동개원 시 고정 기본급 + 개인 매출 인센티브 결합 구조를 세법상 손익분배비율 변동 신고와 정합성 있게 연결합니다.
공동개원 세무조사 시 대표원장 1인에게만 통보되므로 정평세무컨설팅을 주 세무대리인으로 일원화하여 모든 원장의 권익을 공평히 보호합니다.
부동산 과다보유 공동사업장 지분 양도 시 특정주식 양도소득세율이 적용될 수 있으므로 사전에 자산 비율을 진단합니다.
단 3개 이상 해당된다면 국세청 사후검증 또는 세무조사 우선 검토 대상이 될 수 있습니다. 지금 즉시 점검해 보세요.
비급여 진료비 중 현금 수납액에 대해 100% 현금영수증을 정상 발급하고 있습니까?
심평원 보고 의약품·치료재료 구입액과 세무서 신고 매입액의 차이가 5% 이내입니까?
연간 매출이 5억 원에 근접하거나 초과했을 때 분기별 가결산 점검을 받고 계십니까?
봉직의(페이닥터) 급여 계약 시 병원 대납 세금을 총급여에 가산 역산하고 계십니까?
네트 계약 페이닥터 퇴사 시 연말정산 환급금의 병원 귀속 조항이 서면으로 있습니까?
병원 명의 리스 차량의 임직원 전용보험 가입 및 국세청 표준 운행일지를 작성합니까?
병원 카드로 긁은 마트, 백화점, 골프장 영수증이 장부에서 걸러지고 있습니까?
배우자 등 가족에게 지급하는 급여에 대해 출퇴근 기록 및 업무 수행 내역이 있습니까?
운영 중인 MSO 법인이 독립된 사업자등록과 실제 근무 직원을 보유하고 있습니까?
병원-MSO 간 지급하는 경영지원 용역비의 원가 계산서 및 시장 시가 입증자료가 있습니까?
수억 원대 의료장비 리스 계약 시 운용리스와 금융리스의 세무상 차이를 알고 계십니까?
개인 대출금 이자가 병원 장부에서 초과인출금으로 부인되고 있지 않은지 확인하셨습니까?
유효기간 경과나 파손으로 폐기된 고가 약품의 폐기 확인서와 사진을 보관 중이십니까?
병원 필요경비 중 세금계산서, 신용카드, 현금영수증 수취 비율이 98% 이상입니까?
해외 유치 환자 시술 시 외화입금증명서와 유치업자 계약서를 완비하고 계십니까?
국가건강검진 청구액과 실제 입금액 사이의 차액을 발생주의로 처리하고 계십니까?
원내에서 판매하는 화장품·영양제 매출을 과세 매출로 분리하여 부가세를 신고합니까?
상근 간호조무사나 물리치료사를 3.3% 사업소득자로 편법 처리하여 4대보험 리스크가 없습니까?
공동원장 간의 손익분배비율과 출자지분율, 탈퇴 시 영업권 정산 조항이 공증되었습니까?
병원 전문 공인회계사와 매월 실시간으로 세무 이슈를 직접 상담하고 계십니까?
의사 커뮤니티, 개원 컨설팅 법인, 의료기기·제약 유통사, EMR 소프트웨어 개발사, 메디컬 빌딩 자산운용사와의 전략적 B2B 파트너십을 환영합니다.