공지 2026년도 R&D 세액공제 국세청 사전심사 집중 접수 중 · 조특법 제29조의8 통합고용세액공제 3개년 사후관리 전담 검증 체계 운영
조세특례제한법 제10조 · 제29조의8 · 제16조의2 완벽 방어

R&D 세액공제 25~50% 혜택,
국세청 사전심사 없는 사후 공제는
5년 뒤 '가산세 시한폭탄'입니다.

수억 원대 R&D 세액공제와 통합고용세액공제를 받고도, 3~5년 뒤 연구노트 미비와 겸직 적발로 공제액 전액에 연 8.03% 이자상당액까지 추징당하는 스타트업이 속출하고 있습니다.
Big4 감사본부 출신 공인회계사의 정밀 데이터 대사 엔진과 국세청 R&D 사전심사 100% 연계로 사후추징 리스크를 원천 차단하십시오.

국세청 사전심사

사전심사 인정 시 세무조사 면제 효과

3년 고용 사후관리

상시근로자 유지 모니터링 추징 차단

투명 요금제

돌발 세무조정료 별도 청구 없음

Big4 감사본부

공인회계사 직접 전담 감수 체계

Venture Tax Core Index
2026 REVISED
중소기업 R&D 세액공제율 (조특법 제10조) 법인세 직접 감면
25% ~ 50% (신성장·원천기술 최대 40%)

전담연구원 인건비·재료비 당기 발생액의 25% 법인세 직접 차감

통합고용세액공제 (조특법 제29조의8) 최대 3년간 지원
1인당 1,450만 원 (지방 청년 기준 / 수도권 1,100만)

청년 정규직 1인 채용 시 3년간 최대 4,350만 원 법인세 공제

벤처 스톡옵션 행사이익 비과세 (조특법 제16조의2) 소득세 면제 특례
연간 2억 원 (누적 5억 원 한도)

임직원 스톡옵션 행사 시 2억 원까지 근로소득세 원천징수 전액 면제

사후 추징 위험 사전 차단 정평 데이터 대사 시스템 탑재
Vulnerability & Audit Alert

"환급받을 땐 몰랐습니다..."
스타트업과 벤처기업을 무너뜨리는 4대 세무 리스크

세법 지식이 부족한 대행업체나 공격적인 환급 대행 플랫폼의 사탕발림에 속아 사후 요건 검증 없이 공제받았다가, 과세관청의 사후 검증 단계에서 걷잡을 수 없는 추징액을 맞는 사례가 폭증하고 있습니다.

01 추징률 85% 이상

연구전담요원 타 업무 겸직 & 연구노트 부실로 인한 세액공제 전액 취소

초기 스타트업은 인력 부족으로 전담연구원이 고객 응대, 마케팅, 일반 영업, 외주 프로젝트 개발을 병행하는 경우가 많습니다. 국세청은 연구소 현장 실사 및 사후 검증 시 이메일, 업무 툴(Slack/Jira), 조직도, 근로계약서를 전수 조사합니다. 전담 업무 위반이 적발되면 최근 5년간 공제받은 R&D 세액공제 전액 환수 및 부당과소신고 가산세(최대 40%)가 한 번에 부과됩니다.

적용 법령: 조세특례제한법 제10조 및 동법 시행령 제9조 (연구전담인력 전담성 요건 위반)
02 사후관리 2년 추징

통합고용세액공제 수령 후 퇴사자 발생 시 공제세액 추징 및 이자상당액 부과

통합고용세액공제(조특법 제29조의8)는 청년 고용 1인당 연 최대 1,450만 원을 차감해 주지만, 공제받은 연도의 다음 연도부터 2년간 상시근로자 수를 유지해야 하는 엄격한 사후관리 규정이 존재합니다. IT 스타트업의 특성상 잦은 이직이나 퇴사로 전체 근로자 수가 1명이라도 감소하면, 이미 공제받은 세액을 전액 토해내야 할 뿐만 아니라 1일당 0.022%(연 약 8.03%)의 이자상당 가산액이 추징됩니다.

적용 법령: 조세특례제한법 제29조의8 제5항 (고용 감소 시 사후관리 추징 규정)
03 소득세 최고 49.5%

스톡옵션 행사 시 비과세(2억 원) 형식 요건 미비로 거액의 근로소득세 원천징수 폭탄

벤처기업 임직원에게 핵심 인재 유치용으로 부여한 스톡옵션은 행사 시 1인당 연 2억 원(누적 5억 원)까지 비과세(조특법 제16조의2)를 적용받을 수 있습니다. 그러나 주총 특별결의 절차 누락, 2년 이상 재임 요건 미달, 시가 이하 발행 규정 위반, 주식매수선택권 행사계획서 미제출 등 사소한 절차적 하자 하나로 비과세가 전면 부인되어 수천만 원~수억 원대의 근로소득세와 건보료가 임직원에게 전가되는 치명적 사태가 발생합니다.

적용 법령: 조세특례제한법 제16조의2 및 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3
04 세무조사 타깃화

AI 자동환급 플랫폼의 '묻지마 경정청구' 수임 후 국세청 기획조사 대상 전락

최근 유행한 자동환급 플랫폼들은 과거 5개년 세금을 무작위로 환급 청구해 수수료를 챙긴 뒤, 사후 과세관청의 소명 요구에는 일절 책임지지 않고 잠적하는 행태를 보이고 있습니다. 국세청은 무리한 환급 청구가 집중된 사업장을 기획분석 대상(FIRS)으로 분류하여 법인세 전반에 대한 정밀 세무조사로 확대하고 있습니다. 위험한 영업용 경정청구가 기업의 존폐를 위협하고 있습니다.

국세청 경고: 조세불복 및 허위 경정청구 사업장 사후검증 전담반 정밀 심사 강화
Philosophy & Integrity

"사후 추징 위험이 있는 세무는 하지 않습니다"
정평세무컨설팅이 세운 4대 안심 원칙

단기적인 수수료를 위해 의뢰인을 위험에 빠뜨리는 영업용 세무를 단호히 거부합니다. 정평세무컨설팅은 국세청이 인정하는 제도적 안전장치와 철저한 사후관리만을 제공합니다.

공인회계사의 양심 선언: 위험한 경정청구 사업 전면 철수 배경

오직 합법적이고 사후 추징 없는 지속 가능한 조세 방어망 구축

세무 업계에 AI 환급과 경정청구 열풍이 불었을 때, 정평세무컨설팅 역시 수많은 환급 의뢰를 접수할 수 있었습니다. 그러나 세법을 깊이 아는 공인회계사의 시각에서 볼 때, 고용 유지 여부나 R&D 전담성 증빙도 없이 5개년 치 세금을 무리하게 털어내는 것은 "고객의 미래 현금 흐름을 저당 잡히는 시한폭탄"에 불과했습니다. 과세관청이 사후 검증으로 공제액을 도로 징수할 때, 마케팅 업체들은 이미 수수료를 챙겨 도망간 뒤이기 때문입니다.

이에 정평세무컨설팅은 사후 추징 리스크가 상존하는 무분별한 경정청구 사업을 전면 철수하고, 처음부터 세무조사를 원천 차단하는 「국세청 R&D 사전심사제도 연계」와 「3개년 고용유지 사후관리 전담 기장 체계」로 완전히 전환하였습니다.

01

국세청 R&D 사전심사 100% 연계 신청

조세특례제한법 제10조 제8항에 따라 국세청에 연구개발비 세액공제 적격성을 사전에 심사받아, 세무조사 면제 및 가산세 면제 효력을 완벽히 확보합니다.

세무조사 부인 위험 0% 차단
02

통합고용 3개년 사후관리 상시 모니터링

공제 수령 후 2년 내 근로자 수 변동을 매월 급여 데이터로 실시간 추적합니다. 퇴사자 발생 시 조기 대체 채용 전략을 수립해 추징을 선제적으로 예방합니다.

이자상당액(8.03%) 추징 방어
03

돌발 결산조정료 일절 청구 없음

많은 세무사들이 법인세 신고철(3월)에 수백만 원의 추가 조정료를 기습 청구합니다. 정평의 스탠다드 플랜은 연간 조정료를 월 수수료에 일체화하여 투명하게 운영합니다.

사전 합의된 정찰제 수수료
04

파이썬 기반 연구원·KOITA 자동 대사

수기 장부 대조 대신 자체 개발한 데이터 파이프라인으로 한국산업기술진흥협회(KOITA) 신고 연구원과 홈택스 원천세 인건비를 실시간 교차 검증합니다.

코딩하는 회계사 전용 엔진
Enterprise Tax Architecture

벤처·기술 스타트업을 위한 정평의 4대 핵심 세무 솔루션

국내 최고 수준의 법리 해석과 감사 노하우를 바탕으로, 세법이 보장하는 공제 혜택을 극대화하면서도 과세관청의 어떤 검증에도 흔들리지 않는 완벽한 방어 논리를 설계합니다.

SOLUTION 01

조특법 제10조 R&D 연구개발비 세액공제 & 국세청 사전심사

당기 발생액의 25% (신성장·원천기술 최대 40%) 법인세 직접 차감

기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 보유한 중소기업이 지출한 전담연구원의 인건비와 연구용 견본품·재료비에 대해 강력한 세액공제를 적용합니다.

연구노트 및 연구개발계획서 체계화

국세청 사후 실사 시 가장 먼저 요구하는 연구노트(서명, 일자, 진행 내역)와 연간 연구개발계획서, 연구개발보고서를 세법 가이드라인에 맞추어 사전에 완벽히 구축합니다.

국세청 R&D 사전심사 대행 완결

법인세 신고 전 국세청 본청/지방청에 사전심사를 신청하여 승인을 취득합니다. 승인된 연구과제와 인건비에 대해서는 향후 법인세 세무조사 시 R&D 적격성 조사가 면제됩니다.

전담연구원 업무 전담성 사전 필터링

연구소 등록 인력 중 영업, 마케팅, 경영기획 업무를 겸직할 소지가 있는 인력을 사전에 선별하여 공제 대상에서 제외함으로써, 가산세 부과 위험을 100% 예방합니다.

10개년 이월공제 최적 활용 설계

당기 순손실(적자)이 발생하여 당해 연도에 공제받지 못한 세액은 향후 10년간 이월공제가 가능하므로, 흑자 전환 시점에 법인세를 0원으로 만드는 이월 포트폴리오를 관리합니다.

SOLUTION 02

조특법 제29조의8 통합고용세액공제 & 3년 사후관리

청년 1인당 연 최대 1,450만 원 (3년간 최대 4,350만 원 공제)

기존 고용증대세액공제와 사회보험료세액공제가 통합된 제도로, 직전 연도 대비 상시근로자 수가 증가한 중소벤처기업에 파격적인 법인세 차감 혜택을 부여합니다.

상시근로자 수 정밀 산정 알고리즘

매월 말일 근로자 수의 연간 합계를 12개월로 나누는 세법상 상시근로자 산정 기준에 따라 단기 파트타임, 특수관계인(대표자 가족) 제외 등을 데이터로 완벽히 필터링합니다.

2개년 고용유지 사후관리 사전 경고

공제받은 연도 이후 2년간 인원이 감소하면 공제세액과 이자상당액이 추징되므로, 퇴사 예정자가 발생할 경우 대체 인력 채용 시점을 역산하여 추징을 사전에 방어합니다.

청년 등 우대 대상자(만 15~34세) 최적화

청년 정규직, 장애인, 국가유공자, 경력단절여성 등 우대 인력 판정 시 군 복무 기간(최대 6년 가산)을 정밀 반영하여 공제 한도를 최대치로 끌어올립니다.

최저한세(7%) 배제 및 최적 조합 도출

법인세법상 최저한세 규정(과세표준의 7%)을 고려하여 당해 연도 세액공제 적용 순서와 이월공제 배분을 시뮬레이션해 실질 납부세액을 0에 가깝게 만듭니다.

SOLUTION 03

조특법 제16조의2 벤처기업 스톡옵션 연 2억 비과세 특례

임직원 1인당 연간 2억 원 (누적 5억 원) 근로소득세 원천징수 전액 면제

벤처기업 인증을 받은 법인이 임직원에게 부여한 주식매수선택권(스톡옵션) 행사 시 발생하는 시세차익에 대해 최고 49.5%의 소득세를 완전히 면제하는 특례입니다.

주총 특별결의 및 정관 규정 사전 검토

스톡옵션 부여 시 상법 및 벤처기업법상 요구되는 주총 결의 요건, 발행 한도(발행주식 총수의 50%), 부여 대상 적격성(최대주주 제외)을 사전에 철저히 검증합니다.

행사가액 시가 산정 및 2년 재임 요건

부여 결의일로부터 2년 이상 재임·재직해야 하는 실체적 요건과, 비상장주식 보충적 평가방법에 따른 시가 대비 행사가액 적정성을 분석하여 비과세 부인을 차단합니다.

적격 양도소득세 과세특례 비교 모델링

조특법 제16조의3에 따른 '양도소득세 과세특례(행사 시 무과세, 매도시 10~25% 양도세 과세)'와 제16조의2 비과세를 비교하여 임직원 세부담 최소화 경로를 확정합니다.

국세청 주식매수선택권 행사명세서 제출

행사일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일까지 관할 세무서에 제출해야 하는 법정 서식을 완벽히 작성·신고하여 절차 미비로 인한 비과세 취소를 방지합니다.

SOLUTION 04

조특법 제6조 벤처창업 법인세 50% 감면 & 이노비즈 연계

창업 후 3년 내 벤처확인 취득 시 5개년간 소득세·법인세 50% 감면

벤처기업 인증 및 메인비즈, 이노비즈 기술 인증을 결합하여 법인세 감면과 취득세 75% 감면, 수도권 중과세 면제 혜택을 통합 설계합니다.

창업 3년 이내 벤처확인 타이밍 설계

설립 3년 이내 벤처확인을 받아야만 5년간 50% 감면 혜택이 적용되므로, R&D 투자 실적과 기술성 평가 일정을 조율하여 골든타임을 사수합니다.

과밀억제권역 외 창업 100% 감면 결합

청년 창업자가 수도권 과밀억제권역 외에서 창업할 경우 100% 감면(5년), 과밀권역 내라도 벤처 확인 결합 시 50% 감면을 완벽히 확보합니다.

법인 부동산 취득세 75% 감면 특례

지식산업센터나 연구소 사옥 취득 시 창업벤처중소기업 취득세 75% 감면 및 재산세 3년간 100%(이후 2년간 50%) 감면 혜택을 지방세법과 결합하여 신청합니다.

R&D 세액공제와 감면 중복 적용 검토

조특법 제127조(중복지원의 배제) 규정에 따라 창업중소기업 감면과 R&D 세액공제의 중복 적용 가능 여부를 정밀 분석하여 최대 공제 조합을 구현합니다.

Interactive Computation Engine

벤처 R&D 세액공제 & 스톡옵션 비과세 실시간 시뮬레이터

기업의 연구 인력 인건비와 고용 인원, 스톡옵션 행사이익을 입력하면 세법상 적용 가능한 예상 세액공제액과 절세 혜택을 실시간으로 산출합니다.

조특법 제10조(R&D) & 제29조의8(통합고용) 세액공제 시뮬레이션

중소기업 기준: 연구인력개발비 당기발생분 25% 공제 + 청년 정규직 1인당 연 최대 1,450만 원 (3년간 지원)

입력 금액: 2억 원 공제율: 중소기업 25%
KOITA 전담연구원 등록 기준 충족 필수
군 복무 기간(최대 6년) 추가 인정 가능
지방 소재 기업 시 공제액 연 350만 원 추가
당해 연도 R&D 세액공제액 5,000만 원 인건비의 25% 법인세 차감
당해 연도 통합고용세액공제액 2,200만 원 청년 2인 기준 수도권
3년간 고용 유지 시 누적 절세액 1억 1,600만 원 R&D 1년 + 고용 3개년 누적
연간 2억 원의 전담연구원 인건비 지출과 청년 2인 채용 시, 당해 연도 법인세에서 총 7,200만 원(R&D 5,000만 + 고용 2,200만)이 직접 차감됩니다. 향후 2년간 고용 인원을 유지할 경우 3년간 누적 1억 1,600만 원의 절세 효과가 발생합니다. 정평세무컨설팅의 국세청 사전심사 연계로 사후추징 리스크를 원천 차단하십시오.
Proven Track Records

정평세무컨설팅 실제 벤처 R&D 자문 및 사후추징 방어 사례 12선

실제 의뢰인들이 직면했던 국세청 사후 검증, 고용 변동 추징 위기, 스톡옵션 비과세 부인 위험을 정밀 법리와 데이터로 방어한 기록입니다.

CASE 01 AI 딥테크 (성남 판교)

R&D 인건비 8억 국세청 사전심사 완결로 세무조사 100% 면제

LLM 모델 개발 인력 12인의 인건비 8억 원에 대해 국세청 R&D 사전심사를 신청하여 전액 적격 승인을 취득, 당해 법인세 2억 원 직접 공제 및 향후 세무조사 면제권 확보.

적용 법령 조특법 제10조 제8항
CASE 02 바이오 헬스케어 (서울 강남)

핵심 연구원 5인 스톡옵션 행사이익 10억 비과세 전액 인정

신약 파이프라인 개발 연구원 5인의 스톡옵션 행사 시 1인당 연 2억 원(총 10억 원) 비과세 특례를 적용하여 약 4억 2천만 원의 근로소득세 원천징수 부담을 합법적으로 면제.

적용 법령 조특법 제16조의2
CASE 03 IT 솔루션 (서울 성수)

통합고용 사후관리 2년 차 퇴사자 대체 채용으로 5,400만 원 추징 방어

공제 수령 2년 차에 청년 정규직 2명이 동시 퇴사하여 5,400만 원 추징 위기에 처했으나, 퇴사월 말일 기준 채용 일정 역산 컨설팅으로 상시근로자 수를 유지하여 추징액 0원 종결.

적용 법령 조특법 제29조의8 제5항
CASE 04 B2B SaaS (서울 마포)

청년창업감면(100%)과 R&D 세액공제 이월 결합 최적화

조특법 제127조 중복지원 배제 규정에 따라 당기에는 창업감면 100%를 우선 적용하고, 미공제된 R&D 세액공제 1.2억 원을 10개년 이월공제로 세이브하여 향후 법인세 0원 설계.

적용 법령 조특법 제6조 & 제127조
CASE 05 바이오 시약 (인천 송도)

연구노트 및 연구개발보고서 국세청 현장실사 1차 소명 무과세

과세관청의 연구소 실사 및 연구개발 실체 소명 요구에 대해 정평이 사전에 체계화한 월별 연구노트 원본과 실험 로그 데이터를 제출하여 1차 서면심사만으로 무과세 종결.

적용 기술 연구노트 사전 감수 체계
CASE 06 핀테크 플랫폼 (성남 분당)

스톡옵션 제16조의3 적격 양도소득세 과세특례 결합 설계

행사이익이 2억 원을 크게 초과하는 C-Level 임원들에 대해 행사 시 근로소득세 비과세 대신 매각 시 양도세(10~25%)로 전환하는 특례를 적용하여 세부담을 49.5%에서 22%로 대폭 경감.

적용 법령 조특법 제16조의3
CASE 07 스마트팩토리 (서울 가산)

상시근로자 단기 파트타임 오류 사전 교정 가산세 2,400만 원 차단

기존 세무사무소가 주 15시간 미만 파트타임을 상시근로자로 오산하여 신청할 뻔했던 고용세액공제를 정평 파이썬 검증 모듈로 사전에 걸러내어 부당공제 가산세를 완전 예방.

적용 기술 기장팩토리 상시근로자 대사기
CASE 08 소재·부품 연구법인 (대전 유성)

신성장·원천기술 세액공제율(30%) 적용 성공 법인세 1.5억 절감

일반 R&D(25%) 대신 기술가치평가 및 산업부 신성장기술 확인을 연계하여 30% 우대 공제율을 적용받음으로써 당해 연도 법인세 추가 1억 5천만 원 절감 완결.

적용 법령 조특법 시행령 별표7
CASE 09 모바일 게임사 (경기 성남)

연구원 타 프로젝트 지원 겸직 시비 국세청 기획조사 소명 종결

연구개발전담부서 소속 그래픽 디자이너의 라이브 서비스 지원 겸직 의혹에 대해 지라(Jira) 티켓과 깃허브 커밋 로그로 순수 R&D 기여도를 입증하여 과세 예고 통지 철회.

적용 기술 개발 로그 연계 소명 리포트
CASE 10 에듀테크 (서울 서초)

법인세 최저한세(7%) 배분 및 10개년 이월공제 유동성 3억 확보

당기 과세표준 5억 원 기업에 대해 최저한세 한도를 고려하여 당기 납부세액을 3,500만 원으로 억제하고, 나머지 세액공제를 다음 연도로 안전하게 이월 배분.

적용 법령 조특법 제132조 (최저한세)
CASE 11 물류 IT 벤처 (부산 센텀)

지방 청년 고용세액공제(1인당 1,450만 원) 10인 3년간 4.35억 공제

부산 본사 신규 청년 개발자 10인 채용에 대해 지방 우대 한도를 적용받아 3년간 누적 4억 3,500만 원의 법인세 감면 혜택을 사후관리 이탈 없이 전액 수령.

적용 법령 조특법 제29조의8 제1항 제1호
CASE 12 메디컬 AI (서울 강남)

KOITA 연구소 취소 위기 현장 재실측 및 정비로 연구소 자격 수호

공간 분리 규정 미비로 KOITA 직권 취소 통보를 받은 연구소에 대해 현장 공간 재배치와 파티션/현판 규격을 법정 기준에 맞춰 긴급 보완하여 R&D 공제 자격 사수.

적용 규정 기초연구진흥법 시행규칙
Transparent Fee Architecture

세무사법 광고 규정을 엄격히 준수하는 투명 수수료 정책

근거 없는 덤핑 저가 마케팅이나 깜깜이 결산조정료 청구를 일절 배격합니다. 명확한 산정 기준에 따라 사전에 총비용을 합의하고 전자계약서에 명시합니다.

세무사법 및 공정거래 광고 가이드라인 엄격 준수 선언

1. 객관적 근거 없는 최고/최대/유일 등 독점적 최상급 표현을 사용하지 않습니다.
2. 과장된 환급 가능성이나 피해보상 조건을 미끼로 고객을 기만하는 과대 광고 행위를 일절 금지합니다.
3. 모든 가격 표시는 매출 구간, 업종, 증빙 수량 등 명확한 산정 기준을 명시하며, 법인사업자 및 벤처 R&D 특수 전문 자문은 "사전 협의 필요" 원칙을 준수합니다.

Micro Individual Plan

소규모 영세 개인사업자

월 33,000원 부터 (VAT 별도)
[산정 기준 명시]
연매출 4,800만 원 이하, 고용 인력(직원)이 없는 단일 사업장, 단순 경비율·간편장부 대상 영세 소상공인 기준
  • 전자세금계산서 및 카드매출 자동 수집
  • 부가가치세 정기 신고 대행
  • 전용 메신저 실시간 1:1 세무 소통
조정료 포함 플랜
Standard All-in-One

개인사업자 스탠다드 플랜

월 77,000원 부터 (VAT 별도)
[산정 기준 명시]
연간 세무 조정료 별도 청구 없음(월 비용에 포함). 개인사업자 복식부기 대상, 근로자 원천세 신고 3인 이하 기준
  • 파이썬 알고리즘 부가세 매입세액 공제 스크리닝
  • 종합소득세 세무조정료 별도 청구 없음
  • 인건비 원천세 및 4대보험 취득·상실 신고
  • Big4 출신 회계사 직통 자문 채널
Corporate & R&D Special

법인사업자 & 벤처 R&D 특수자문

사전 협의 필요 연구 인력 규모 및 프로젝트별 맞춤 산정
[세무사법 준수 고지]
법인사업자 및 R&D 세액공제 국세청 사전심사, 스톡옵션 비과세 특례 자문은 매출 규모와 지배구조에 따라 계약 전 사전 협의로 확정합니다.
  • 조특법 제10조 R&D 국세청 사전심사 대행
  • 통합고용세액공제 3개년 사후관리 전담 모니터링
  • 벤처 스톡옵션 2억 비과세 특례 법리 검토
  • 이민우 대표 공인회계사 직접 대면 자문
Leadership & Technology

대형 회계법인 감사 노하우와 코드의 결합, 이민우 대표 공인회계사

수동 엑셀과 주먹구구식 기장에 갇힌 세무 시장을 혁신하고, 오직 데이터와 법리에 기반한 정밀한 조세 안전망을 구축합니다.

정평세무컨설팅 대표 이민우 공인회계사

이민우 대표 공인회계사 · 세무사

정평세무컨설팅 대표 / 코딩하는 회계사 창립자

한국공인회계사회(KICPA) 정회원 / 전 EY한영 회계법인 감사본부

DEVELOPER & AUDITOR PHILOSOPHY

"엑셀 대신 파이썬을 다루는 회계사.
단순 반복 업무는 알고리즘에 맡기고, 전문가는 오직 스타트업의 사후 세무 리스크 방어에 집중합니다."

대형 회계법인 감사본부에서 수많은 상장사와 기술기업의 외부감사를 수행하며 절감한 것은, R&D 세액공제와 고용세액공제 추징의 대부분이 '사후관리 부실'과 '증빙 누락'에서 발생한다는 사실이었습니다.

정평세무컨설팅은 파이썬(Python) 기반의 세무 데이터 파이프라인을 구축하여 KOITA 연구원 명부와 홈택스 원천세 인건비 데이터를 실시간으로 교차 검증합니다. 자체 기술력으로 인건비와 반복 업무 비용을 획기적으로 줄였기에, 저희는 연간 세무 조정료 별도 청구 없는 투명한 수수료 체계를 고객사에게 당당히 제공할 수 있습니다.

Questions & Answers

벤처 R&D 세액공제 & 스톡옵션 자주 묻는 질문 15선

실제 의뢰 기업들이 가장 궁금해하시는 사전심사 효력, 겸직 배제 요건, 고용 사후관리 및 스톡옵션 비과세에 대한 명쾌한 답변입니다.

기초연구진흥법에 따라 한국산업기술진흥협회(KOITA)로부터 '기업부설연구소' 또는 '연구개발전담부서' 인정을 받은 모든 중소·중견기업 및 벤처기업이 대상입니다. 연구소에 정식 등록된 전담연구원의 인건비와 연구용 시약·재료비에 대해 당기 발생액의 25%(신성장·원천기술 최대 40%, 국가전략기술 50%)를 법인세에서 직접 공제받을 수 있습니다.
조세특례제한법 제10조 제8항에 따라 국세청에 연구과제와 지출 비용의 적격성을 사전에 심사받아 승인을 취득하면, 첫째, 향후 법인세 세무조사 시 해당 사전심사 승인 항목에 대해서는 연구개발비 적격성 조사가 면제됩니다. 둘째, 추후 과세관청의 해석이 달라지더라도 신고불성실가산세가 100% 면제되는 절대적 법적 안전판이 부여됩니다.
조특법 시행령 제9조에 따라 연구전담요원은 '연구개발 업무에만 전념'해야 하는 엄격한 전담성 요건이 적용됩니다. 국세청은 현장 실사나 세무조사 시 근로계약서뿐 아니라 업무용 이메일, 슬랙(Slack), 사내 조직도, 명함을 전수 조사합니다. 마케팅이나 영업 업무를 병행한 사실이 단 한 번이라도 적발되면 해당 인력의 인건비 공제액 전액이 부인되고, 부당과소신고 가산세(최대 40%)가 소급 추징됩니다.
연구노트는 연구의 착수, 실험, 개발 과정, 결과가 날짜순으로 연속적으로 기록되어야 하며, 기록자의 서명과 연구책임자의 확인 일자가 명시되어야 합니다. 소프트웨어 개발 스타트업의 경우 깃허브(GitHub) 커밋 로그, 지라(Jira) 티켓, 배포 내역서를 월별 연구개발보고서와 바인딩하여 체계적으로 보관해야 실체성을 완벽히 인정받을 수 있습니다.
중소기업이 전년 대비 상시근로자를 증원한 경우, 청년 정규직(만 15~34세) 1인당 수도권은 연 1,100만 원, 지방은 연 1,450만 원을 법인세에서 직접 공제합니다. 고용 인원을 유지하면 당해 연도를 포함하여 최대 3년간 연속으로 공제되므로, 청년 1인 채용 시 지방 소재 기업은 3년간 최대 4,350만 원의 세금을 차감받을 수 있습니다.
네, 조특법 제29조의8 제5항에 따른 사후관리 규정으로 인해 공제받은 과세연도의 다음 연도부터 2년간 상시근로자 수가 감소하면 감소 인원만큼 이미 공제받은 세액이 전액 추징됩니다. 이때 1일당 0.022%(연 약 8.03%)의 이자상당 가산액까지 가산되므로, 퇴사자가 발생했을 때는 즉시 대체 인력을 채용하여 상시근로자 수를 유지하는 선제적 관리가 필수적입니다.
① 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따른 벤처기업이어야 하며, ② 정관에 근거하여 주주총회 특별결의로 스톡옵션을 부여해야 합니다. ③ 부여 결의일로부터 2년 이상 재임 또는 재직한 임직원이 행사해야 하고, ④ 최대주주 및 주요주주(지분 10% 이상)는 대상에서 제외됩니다. 이 요건을 모두 충족하면 1인당 연 2억 원(누적 5억 원) 한도로 근로소득세가 전액 비과세됩니다.
2억 원까지는 전액 비과세 처리되며, 2억 원을 초과하는 행사이익에 대해서만 해당 임직원의 근로소득으로 보아 원천징수됩니다. 만약 행사이익이 수억 원대에 달해 누진세율(최대 49.5%)이 부담스럽다면, 행사 연도를 2개년 이상으로 분할하여 연도별 2억 원 한도를 각각 적용받거나, 조특법 제16조의3(양도소득세 과세특례)을 사전에 신청하는 전략을 세워야 합니다.
행사이익이 2억 원 이하인 경우에는 세금을 1원도 내지 않는 제16조의2 비과세가 압도적으로 유리합니다. 반면, 행사이익이 5억~10억 원 이상으로 매우 큰 임원의 경우 초과분에 최고 49.5%의 근로소득세를 내는 대신, 행사 시 세금을 내지 않고 나중에 주식을 팔 때 10~25%의 양도소득세로 단일 과세받는 제16조의3 과세특례가 훨씬 유리할 수 있습니다.
조특법 제127조(중복지원의 배제) 규정에 따라 동일한 사업연도에 동일한 세목에 대해 창업감면과 R&D 세액공제를 동시에 감면받을 수는 없습니다. 그러나 창업감면 100%를 먼저 적용받아 법인세를 0원으로 만들고, 발생한 R&D 세액공제는 최대 10년간 이월공제로 적립해 두었다가 창업감면 기간(5년)이 종료된 6년 차부터 차감하는 방식으로 혜택을 100% 보존할 수 있습니다.
최저한세는 조세감면을 아무리 많이 받더라도 중소기업의 경우 과세표준의 최소 7%는 세금으로 납부해야 한다는 세법상 하한선 규정입니다. 공제액이 많아 당해 연도 최저한세 한도에 걸려 차감받지 못한 R&D 세액공제와 통합고용세액공제는 결코 소멸되지 않으며, 향후 10년간 안전하게 이월되어 차기 흑자 연도에 공제받을 수 있습니다.
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